Нет, у нас ситуация похожая и связана именно с ips - симптомы: большие файлы при deep inspection грузятся часами - загрузка волнообразная по скорости, в трафике много ретрансмиссий. Вендор выдал новый ips движок (стабильный, рассылаемый) - трабла ушла, но потом перестали открываться некоторые сайты- например фсбук, часть Яндекса и т.д.
У нас ветка 6.2 поэтому про вашу версию ips в ветке 6.4. не могу сказать.