я собственно поэтому и спросил, не знаю как происходит таможенный контроль в этом случае. Например, по земле (поездом), я могу попасть в Белорусию и Литву, при этом тоже прохожу российскую таможню. Думал, может какой-то особый (другой) порядок и так далее.
Не таможню, а границу. Со всеми странами, кроме Беларуси, у России непрозрачные границы. Чтобы в них попасть, надо сначала пройти российскую границу. И там уже проверяют, можно ли выезжать