изначально конфиг логсташа по идеи должен лежать тут /usr/share/logstash/modules/netflow/configuration/logstash/netflow.conf.erb , ну по крайней мере так на редхатоподобных должно быть при установке логсташа с офф репа эластикового. вот это и есть йонфиг логсташа. Его можно разместить в /etc/logstash/conf.d и изголяться как понравиться
ну то есть ты все настройки туда вынес. просто нельзя использовать conf.d вместе с настроенным модулем в logstash. ну вообще я тоже думаю так сделать, ибо от модуля мне нужны были только визуализации. я так понимаю, что конфиг просто переносится безболезненно