комбинация опций { frame: true, transparent: true } на маке, дает полупрозрачное приложение (vibrancy), с нативными кнопками фон можно залить черным и всё будет выглядеть нативно
Так что да, кнопки нативные, хотя раньше не были такими. В теории любое приложение может быть с такими кнопками и iTerm2 тоже но это надо на уровне кода делать