а вот это уже посложнее будет
предположу, что каждый склад это и store и pickup point при этом есть один базовый store куда и добавляются товары, с базовой ценой и стоком и кастомными полями, добавленными к товару, где будет хранится сопсна цена и сток склада
потом каждый склад клонирует товар (с референсом на вариацию) и заполняет эти поля и в калбэках берутся именно эти значения
таким образом вариация на всех складах будет одна и та же, но цена и сток свои собственные
...но это неточно))