Ну например ext3 на ssd без включённого TRIM вполне себе уничтожит интеловский DC SSD - привет любой системе на CentOs 6, оставленной с конфигами по умолчанию.
Ну и это только один параметр, а дальше отключение двойной записи, лишних кэшей, перевод базы в другой формат - например можно COMPRESSED поставить на базу с логами и т.п.