Насколько я понял у них там ноды, в каждой ноде массив байтов с данным, когда надо получить данные,данные десериализуются, объекты хранятся по принципу дерева
Да, кэш там есть. Но по идее, в данном случае он не должен использоваться. Меня больше Commit смутило. Он же пишет транзакцию в лог, а потом по достижении лимита делается чекпоинт. Может быть память растёт из-за этого.