Есть СУБД, есть сервер 1С. Связка СУБД-Сервер 1С нерушима. А вот то, где обрабатываются данные, полученные сервером 1С зависит уже от типа клиента. В случае тонкого клиента — серверный код связанный с обработкой данных, выпонляется на сервере 1С, в случае толстого клиента — на клиенте
т.е. ты делишь код на серверный и клиентский и не требуется задумываться о том, в каком клиенте он будет выполняться. За исключением пары исключений, которые просто требуют указать необходимые директивы компиляции