Смотри, если кто-то использует мое веб приложение, то по сути у него нету приложение на компе так? Куда ему файл пойдет?Я теперь вообще не понимаю как пройдет процес скачивания файла ему на его устройство
Зависит.
Если пользователь качает через браузер, то скачивалка обычно показывает ему диалоговое окно, чтобы пользователь сам выбрал, куда класть файл. В некоторых случаях скачивает в папку "Загрузки". В wpf и uwp закидывает файл с директорию по умолчанию, если не указано иное — для wpf это папка с exe-шником, для uwp — папка пакета приложения.