тут все зависит от того что изначально представляет из себя десктопная программа. если это тупо Qt, это одно, а если WinForms то другое. Проще всего WPF перенести в Mono или Silverlight/Moonlight, но общего универсального решения нет, в принципе.
И критерии переноса так же важны - как есть, с передалками, или как