Если вкратце - никаких проблем, .sln, .csproj и прочее уже давно достояние MSBuild'a и dotnet CLI, поэтому студия и райдер работают с ними практически одинаково. Есть пару неприятных вещей которые студия делает (иногда делает какие то левые малозначительные изменения в .csproj файлы), но это надо уже конкретные ситуации рассматривать, в целом они не конфликтуют