грубо говоря var positions = db.Positions.Where(w=>w.CtegoryId == id).ToList() или var positions = db.Categories.Include(i=>i.Positions).First(f=>f.Id==id).Positions;
то есть если так как ты хочешь то будет var positions = db.Categories.Include(i => i.Positions).SelectMany(i => i.Positions).Where(w=>w.CtegoryId == id).ToList()