У меня нет ни малейшего желания отстаивать здесь преимущества YAML, в которых я сам лично сомневаюсь. Я написал о мотивации его создания, которая объясняет особенности его синтаксиса.
Подозреваю, что Mkdocs собирает документы/страницы не по оглавлению, а вообще все, которые видит файлами. Заведите папку _archive, перемещайте туда файлы, которые пока что не используете.