Там говорят, что у каждого типа есть какая-то репрезентация. Дефолтная не обещает ничего конкретного, но она одна, фиксированная (the rust representation). Компилируя программу по частям/модулям, модули будут опираться на одну и ту же репрезентацию одного типа. Но что поля там могут идти не в том порядке, как в исходнике, это запросто. Ничего в этом плохого нету.