Syncthing можно настроить для работы с недоверенными серверами: для этого достаточно сделать зашифрованную директорию с помощью encfs (или gocryptfs), и её синхронизировать. Примонтированную директорию с расшифрованными данными при этом можно синхронизировать со своими устройствами.