Под Битрикс написан неким господином Аристовым модуль многосайтовости по городам, его правильно устанавливаешь на сайт, настраиваешь, недели две перепиливаешь под себя если нужно, и у тебя на одном серваке, на одной лицензии, хоть 800 разного вида сайтов с разным контентом разными урлами одним ядром битрикса, одним шаблоном, и одной базой данных.
Если без стороннего модуля, то нужно было на стандарт переходить и делать многосайтовость, по правилам битрикса