Никак не выходит повторить такой результат. Вы сколько раз делали тест? Перезапускали сервер или нет? Какой тип запроса был первым (с кавычками или без)?
Вот так делали замеры:
SET profiling = 1;
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM b_iblock_element WHERE XML_ID = 123213;
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM b_iblock_element WHERE XML_ID = '123213';
SHOW PROFILES;
SET profiling = 0;
для первого запроса время выполнение ~41,51
для второго ~0,00025
Пробовали разные вариации, с существующим xml_id и без, в разных порядках, одиночные запросы — время всегда примерно одинаковое
БД не перезапускали