cp не очень - в момент копирования уже изменятся данные. 5гб после архивации результатов mysqldump. плюс постоянная нагрузка. ну и копию снять одновременно с состоянием монги так как базы синхронизируются между собой.
Утилита mysqlhotcopy представляет собой Perl-сценарий, использующий SQL-команды LOCK TABLES, FLUSH TABLES и Unix-утилиты cp или scp для быстрого получения резервной копии базы данных.