Вчера мне удалось сильно испортить себе настроение. Полночи я валялся в кровати и размышлял о том, какой мир вокруг жестокий и хуевый, и как мне не нравится в нем жить. Просто так избавиться от этих мыслей не удавалось, так что я решил отвлечься и поискать какие-нибудь интересные статьи про грибы. Я так иногда делаю - когда меня все заебывает, я посвящаю свое время изучению какой-нибудь странной, никому не нужной темы, и обычно от этого попускает. Вот и сейчас сработало - я наткнулся на набор занимательных статей про грибные митохондриальные плазмиды, повтыкал на них, и жизнь снова заиграла всеми своими красками.
Я люблю грибы по многим причинам. Во-первых, они все очень красивые, и это самоочевидно. Во-вторых, это одни из наших ближайших родственников среди опистоконт, родственные души, короче. В-третьих, грибы - это такие как бы недоделанные эукариоты - у них маленькие геномы, а фукционально связанные гены часто организованы в кластеры, как у прокариот. Еще у грибов есть всякие странные молекулярные реликты - вроде линейных митохондриальных плазмид, похожих на геномы тективирусов, или митовирусов - вирусов, реплицирующихся в митохондриях, потомков бактериофагов с РНК-геномами. Еще грибы нравятся мне тем, что они в большинстве своем (кроме дрожжей) плохо изучены и, похоже, нахуй никому не нужны. Последний факт (нахуй-никому-не-нужность) свидетельствует о том, что изучение грибов близко к Высшей Цели:
https://t.me/c/1278567619/721Вчера я узнал, что у грибов (у некоторых штаммов Neurospora crassa) есть еще так называемые ретроплазмиды - кольцевые ковалентно замкнутые митохондриальные плазмиды, которые кодируют ген обратной транскриптазы и реплицируются через цикл транскрипции - обратной транскрипции [1]. Подробности репликации этих плазмид мне выяснить не удалось, и, похоже, что с 90-х годов статей на эту тему не выходило. Неясных деталей там достаточно много.
Во-первых, пишут, что транскрипты этих плазмид (возможно конкатамерные) процессируются так, что на конце оказывается тРНК-подобная структура с CCA на 3' конце. Кто процессирует эти транскрипты, неясно.
Во-вторых, пишут, что обратная транскриптаза инициирует синтез кДНК с 3'-CCA, и ей типа не нужен праймер. Я про такое вообще никогда не слышал, ну ладно, допустим, бывает. Почему для инициации синтеза кДНК нужна именно тРНК-подобная структура? Складывается впечатление, будто ревертазы испытывают к тРНК какую-то давнюю любовь.
В-третьих, вообще непонятно, как происходит синтез второй цепи и превращение кДНК в кольцевую двуцепочечную плазмиду.
В общем, есть большой простор для размышлений. Когда я в следующий раз найду в своем холодильнике заплесневелый хлеб, мне будет о чем задуматься.
Вместе с кольцевыми ретроплазмидами у N. crassa встречаются плазмиды-спутники [2]. Одна из таких плазмид называется VS (Varkud satellite, спутник плазмиды Varkud). Это такая маленькая (~800 нк) плазмида, которая существует, видимо, в форме кольцевых ДНК и кольцевых РНК. Пишут, что репликация у нее проходит типа так - с ДНК-формы транскрибируются длинные конкатамерные транскрипты, которые автокаталитически процессируются (разрезание+циклизация) с образованием кольцевых РНК-форм. Обратная транскриптаза, заимствованная у ретроплазмид, синтезирует кДНК. Как происходит образование ДНК-формы VS плазмиды неизвестно.
Зато известно, как происходит процессинг длинных транскриптов VS. Специфическое расщепление РНК и лигирование катализирует специальный рибозим - большой, сложный и непохожий на остальные известные рибозимы с рибонуклеазной активностью.
https://en.wikipedia.org/wiki/VS_ribozymeВ общем, похоже, что из-за этого рибозима эти плазмиды и привлекли к себе внимание, а на все остальное все как-то забили.
1. Lambowitz, A. M., and Chiang, C.-C. (1995) The Mauriceville and Varkud plasmids: primitive retroelements found in Neurospora mitochondria , Can. J. Bot., 73, 173–179.