Вы ведь тестируете перед доставкой, что именно эти 400 пакетов работают вместе.
Я - уже нет, так как Перл из прода выкинут. Но - да, в случае, если эти 400 пакетов равномерно размазаны тонким слоем говнеца по /opt, /usr, /usr/local и /usr/share, то придётся тратить время на тестирование не только релиза, но и обновлений. А это - деньги.
Так что чем меньше пакетов - тем лучше. Зачастую даже имеет смысл сделать каталог thirdparty и сложить туда то, что обновляется не так, как тебе удобно и самому поддерживать апдейты (хотя это и антипаттерн).