Я бы убедился в 2 вещах - точно ли результирующие правила со всех зааттаченых к машине SG не пропускают трафик, который не должны и точно ли источник находится за пределами разрешенных (tcpdump, ага)
У тебя точно одна SG к машине привязана? Ну то есть есть конечно вероятность что AWS где-то напортачил, но ее я бы оценил на порядки меньше, чем мисконфиг)