Тебе не нужно хранить указатели на другие плагины внутри того же модуля - это раз, тебе не нужно хранить указатели других модулей внутри плагинов - это два
Как ты говоришь если тянуть через App, то вопрос не в производительности, а в читабельности кода, ты предлагаешь делать постоянно так this->GetApp()->GetModule<Type>( )