соответственно есть java приложение которой в рамках контейнера в его окружении прекрасно выполняется - но при передаче через docker run сcentos "приложение" теряется окружение - оно и понятно что выполняется в рамках корневой ОС
сама Java в контейнере по полному пути отрабатывает; если брать ту же centos то там тоже контекст выполнения был из докера... вот и думаю где тут собака порылась в CoreOS в части контента - может передавать пути и окружение с переменными при старте докера в env файле ?