Привет, не знаю ответили тебе уже или нет. У тебя могут быть архивные группы в кампанях. Обновляя в командер кампании через выгрузку екселевскую, при экспорте, ставь галочку "архивные данные", исправляй в екселе все что угодно и загружаю обратно через обновить в исходных, с учётом архивных данных. Иначе, оьновив кампанию только по активным группам, ты как бы даёшь Яндексу задание удалить архивные на сервере. И тогда может быть такая ошибка.