В общих чертах, надо написать скрипт, который будет наполнять кастомный wmi-класс. Дальше инвентаризировать его через настройки в policy. Сам скрипт можно деплоить или как package или как baseline
SCCM может осуществить доставку и запуск любого исполняемого контента. ЧТо вам еще нужно? Чтобы он вашу задачу умел из коробки? По-моему, инвентаризации папок из коробки там нет.