Ну дто это же объект передачи данных между слоями приложения и\или между приложениями. Он не зависит от какого-то конкретного уровня. Дтохи для каждого уровня могут быть свои и хранятся там где маппятся. Например если ты в BLL в сервисах маппишь дто в модели то логично расположить их в BLL, у this'a например есть еще дтохи в инфраструктурном слое где они маппят доменные модели на энтити. Более того, у каждого слоя еще и сервисы свои могут быть.