Конкретные вопросы сложно сформулировать, потому что нет понимания с какого конца подойти к этой задаче. Проект большой, и права на принятие неправильного решения нет.
На тестовом чистом проекте всё довольно просто, однако на реальном проекте всё не так)
а глобально цель какая? Из этого лучше исходить. Есть ли задача потом из этих модулей склеивать другие приложения/опенсорсить модули, или это просто для удобства раработки делается или еще какие-то причины, много нюансов может быть. Обычно такие “рефакторинги” стоят дорого и хорошо бы перед нырянием туда представлять зачем.