вот эта строка вообще непонятна

(fn [[id val]] (= id (:db/id val)))

можно пример данных и что ты хочеш проверить?

данные следующего вида:
{X {:db/id X}
Y {:db/id Y}}

где Х и Y условно какие-то айдишники

проверять нужно во-первых наличие и корректность :db/id внутри мап, в значении мапы с первого уровня

а так же предикатом то, что X == X, а Y == Y

Кто-то знает как добавить все ридеры из clojure.core в clojure.edn, чтоб read-string работали одинаково?

Пример
(read-string “#=(+ 1 2)”) => 3
(edn/read-string “{:foo #=(+ 1 2)}”) => error

тогда (fn [[id val]] (= id (:db/id val))) это неверный предикат

точнее, это предикат для конкретной пары, а нужно для всей мапы.

можно завернуть его в (s/coll-of (fn ...))

надо вмерджить в словарь переменную *data-readers*

Не работает, но я уже нашёл что надо копать в сторону dispatch-macros

надо было копировать) сейчас попробую вытащить, что у меня получилось

(s/def :db/id (s/or :long number? :string string?))
(s/def ::e (s/and (s/map-of :db/id (s/keys :req [:db/id]))
                (s/coll-of (fn [[id val]] (= id (:db/id val))))))

(clojure.pprint/pprint (s/explain-data ::e {1 {:db/id 1}}))

;; =>

#:clojure.spec.alpha{:problems
                    ({:path [],
                      :pred (fn [[id val]] (= id (:db/id val))),
                      :val [1 #:db{:id [:long 1]}],
                      :via [:tyrell.api.spec/e],
                      :in [0]}),
                    :spec :tyrell.api.spec/e,
                    :value {1 #:db{:id 1}}}

собственно в val уже попадает не оригинальная мапа, а мапа с :db/id [:long 1], которая валидацию предикатом не проходит

а, так ведь #= это особый случай

значит надо поправить предикат

[[id [_ val]]]

т.е. вместо val => [_ val]