Не вижу смысла соскакивать с настроенного lein проекта если все устраивает (хотя в моем случае пришлось мигрировать). А вот с новым можно и поэкспериментировать.
Главное - не пытаться на него ментальные модели lein применять. deps.tools не сборщик, если надо собирать - есть разные варианты. В моем случае ничего стороннего не использовал - просто компилирую (используя функцию compile) весь код и собираю вызовом команды jar из дистрибутива джавы.