Ну или ещё один вариант, лично не тестил, но идея в том, чтобы слить всё в единый объект, сделать развёртку, покрасить это всё красиво, а потом менять цвет уже на этой конечной текстуре, каждый раз назначая новый материал на инстанс.
Тоже не вариант. Тогда придется для каждого инстанса иметь большую текстуру, включающую каждый подобъект. И для того, чтобы например поменять цвет какого-то общего подобъекта, нужно будет переделывать каждую текстуру