вроде как для раптора нужны админ права, т.е. когда вы запускаете его вручную вы разрешаете работать из под админа, а автозагрузка запускает исполняемые файлы от имени пользователя.
в винде есть Планировщик заданий, через него можно указать путь к файлу и как он должен запускаться, там же можно указать чтобы он запускался от админа.