контроллер интегрированный? свой gui у него имеется? (OpRom, optional rom, в мане к материнке клавиша должна быть). вообще обычно на мамках fake-soft-raid, так что диски не должны "пропадать", но бывают и норм контроллеры, и диск полностью под его управление улетает и виден только из его собственного gui