Если можно получить амплитуды и фазы, тогда амплитудой может быть интенсивность цвета, а фазой — цвет (по радуге).
Про координаты не знаю пока. Логарифмически, наверное, как-то. А так последовательно с левой верхней точки к правой нижней.
У тебя есть период в n семплов на входе. Для FFT это обычно степень двойки. И есть на выходе набор двумерных координат для частот: samplerate/n, samplerate/n*2, samplerate/n * 3 ... до samplerate/2, емнип
Координаты можно перевести в полярную форму и тогда они означают (амплитуда,фаза)