Вообще говоря, я согласен, что в DOSBox, FreeDOS и MS-DOS есть свои особенности. Что работает в MS-DOS может не работать во FreeDOS, т.к. там защиты включены дополнительные. Типа нельзя читать слово по смещению [0FFFFh] (будет #GP), lmsw запрещён (тоже #GP) и т.д.
Что работает в DOSBox может не работать во FreeDOS, MS-DOS.
Про QEMU и Bochs вообще молчу. Там вообще много чего не работает так, как в других системах.