A
Разумеется, при этом система станет работать нестабильно, у меня вылезло несколько косяков, которые я за давностью времени даже не вспомню. И, конечно же, весь софт, который писал абсолютные пути в конфигах, нужно будет удалять и переустанавливать, сами понимаете, почему.
Не могу не отметить, что перестанут работать большинство деинсталляторов программ, так как они практически всегда сохраняют абсолютные пути всех установленных в систему файлов и не рассчитаны на изменение пути установленной программы после установки. Через реестр это не вылечить.
В качестве простой альтернативы могу посоветовать попробовать перенести папку через симлинк, но что-то мне кажется, что это не заработает, т.к. ядро системы находится как раз в папке windows, а загрузчик, скорее всего, симлинки не будет читать. Но пока не попробуешь, не узнаешь.
По моему мнению, вся эта канитель не стоит затраченного на нее времени, проще переустановить систему со всем софтом. Но если вам хочется странного, как мне в свое время, то флаг вам в руки и ветер в спину. Только не забудьте сделать бэкапы.