Смотря что понимать под штатным. Штатно у битрикса свой механизм работы с файлам для поддержания ссылочной целостности, чтобы разработчик не отвлекался на удаление файлов с диска, если он больше нигде не используется. А так же всякие другие плюшки для работы через API.
В своем шаблоне вы можете использовать как API, так в целом и что угодно.