Фьючерсный рынок отделен от спотового; это отдельная самостоятельная кухня; поэтому цены разные. Цена маркировки это средняя цена, считается по нескольким рынкам. По ней же на фьючерсах считается профит/лосс и цена ликвидации.
Про фандинг: Чтобы сильно фьючерсная цена не убегала от спотового существует фандинг, (платеж) который или берут, или отдают каждые 8 часов или шортистам или лонгистам в зависимости от стороны отклонения фьючерсной цены от цены маркировки.