Если CSS ещё не написан, то всё ok (использование twitter bootstrap может где-то неудобно «выстрелить» — у них стили написаны не только на классы, но и на глобальные селекторы).  Если написан — тоже всё ok.

Насколько реально использовать 2 модификатора на 1 блоке например navigation_theme_value navigation_size_value

Вполне реально. Вы пробовали читать оф. документацию: https://ru.bem.info/methodology/block-modification/ ?

Реально и абсолютно нормально.
Но важно помнить, что модификаторы - это в некотором смысле хранилище "ключ-значение".
То есть navigation_theme_value navigation_size_value - нормально.
А navigation_theme_value navigation_theme_value2 - не правильно. Одному модификатору (theme) должно соответствовать только одно значение.

что-то тут не сходится, theme на то и theme что может иметь разное значение, на разных блоках уж точно

всё сходится, ОДНОВРЕМЕННО задать разные темы нельзя

в сообщении я не вижу слово 'одновременно'

может я просто из контекста переписки вырвал

А navigation_theme_value navigation_theme_value2 - не правильно

Имеется ввиду одновременно на одной дом ноде.

да, понял, согласен

На одном инстансе компонента. Он может быть размазан по нескольким нодам

немогу найти в project-stub где изменить версию jQery

Более полный ответ: создать в своём проекте /common.blocks/jquery/__config/jquery__config.js

и туда положить файл https://github.com/bem/bem-core/blob/v4.2.0/common.blocks/jquery/__config/jquery__config.js со своим содержимым (переопределить путь до скрипта).

Объяснение того, как это работает (и почему так) — https://ru.bem.info/methodology/redefinition-levels/

у provide  я могу любые скрипты добавлять

Есть вопрос по организации блоков. У магазина есть 2 части. Админка и Витрина. Они визуально полностью разные.
Как лучше подойти к разделению блоков?

1. Использовать 2 темы .
2. Разбить на 2 проекта.

По историческим причинам используется 1-ый подход, но из-за этого происходит смесь блоков и постоянно приходится разруливать неймспейс выдумыя новые экзотические имена.

+ при попытке использововать блоки из витрины в админке приходится поддерживать все модификаторы оформления под тему админки .

Понемногу прихожу к тому, что нужно использовать 2-й вариант. А общие части выносить в common проект

common -> Admin [desktop, touch]
common -> Shop [desktop, touch]

Каких правил вы придерживаетесь?

Отдельные темы, которые могут собраться с любыми блоками на любых узлах

Ты имеешь в виду использовать css переменные для темы?