ага красавчеки. очередной раз звоночек, скорее всего безалаберность. стоит пользоваться распределенными dns/namecoin/emercoin.
имею косвенное отношение к безопасности, но не держал бы сертификат, там же где и домен, или доступы к нему. От того же bgp hijack гораздо сложнее защититься, иногда только реагировать пост фактум. надёжное хранение сертификата сильно уменьшает импакт, в root cause они про это вообще не пишут... Как получили доступ не до конца понятно, валить все на godaddy и тем более iranian hackers - такое себе.