Конечно это гадание на кофейной гуще, так как не понятно как развернута среда (tf, cft, ручками)... Но вообще добавление сабнетов третьей az ничего ломать не должно, если предыдущие 2 az не трогать, не грохать vpc итд. Дальше уже поресурсно проходим по бд в сабнет группе, екс и проч и апдейтим добавляя третий сабнет.
Сделать менее больно? Обкатать в dev/test енве а уже потом делать в проде.