как правило несовместимость выглядит по-другому. например, configuration manager не совместим с jira workflow toolbox, потому что последний пишет в xml воркфлоу записи с id полей в своем формате, а cm не умеет их парсить. и в случае, если эти id в разных инстансах отличаются, то при переносе конфигурации между ними все ломается