Когда пишешь на Java, ты:
- в первую очередь практикуешь очень популярный энтерпрайз ЯП
- изучаешь устройство продукта atlassian
- не зависишь от плагина чужой компании, для работы твоего кода нужна только сама система
- можешь распространять свое решение на маркетплейсе (даже простую мелочь для удобства)
- имеешь одно место - плагин - со всей логикой, а не кучу мелких файлов sil, groovy etc
- имеешь юниттесты, CI и вот это все
ППКС. Только никто не запрещает использовать Groovy Runner как среду тестирования. И, если у тебя как начинающего разраба проблемы с созданием и или запуском чистого жира плагина, то Groovy Runner как скаффолдер тоже может быть полезен