##disable_html_escaping()
#set($i18nprefix = "departments-field-$customField.id")

<div class="field-group">
 <label for="departments-field-$customField.id">$customField.name</label>
   <select class="multi-select" size="5" id="departments-field-$customField.id" name="departments-field-$customField.id" multiple>
   #foreach($department in $departments)
     #set($selected = false)
     #if($selectedDepartments.contains($department))
       #set($selected = true)
     #end
     <option#if($selected) selected="selected"#end title="${department.name()}" value="${department.unique1CCode()}">${department.driftedCodeName()}</option>
   #end
 </select>
 <!--<span class="aui-form">&nbsp;<a href="#" id="departments-field-select-all">Select All</a></span>-->
</div>

JIRA.bind(JIRA.Events.NEW_CONTENT_ADDED, function (e, context) {
   var elems = AJS.$('select[name^=departments-field-customfield_]');
   //console.error("qqq" + e);
   for (el in elems) {
       /* departments field */

       var   departmentsField = new AJS.MultiSelect({
           //element: AJS.$('#departments-field-customField-<id>'),
           element: el,
           //  $("input[@name^=myname]") - начинается с
           itemAttrDisplayed: "title",
       });
   }
});

так

второй кусок это уже мои попытки - он не работает как надо

Ну пока оно видимо просто не инициализируется

или одно взлетает, а второе такое же нет?

в том виде js вообще не работает - вылетает с ошибкой Only one element on document allowed.

но пробовал по всякому - и через класс и по названию атрибута - никак не выходит. работает только по id

вот так работает по одному id:

var   departmentsField = new AJS.MultiSelect({
   element: AJS.$('#departments-field'),
   itemAttrDisplayed: "title",
 });

но тогда приходим к одинаковым ид селектов

Так, сходу, нюанс раз

for (el in elems) {

вот тут вместо такого цикла сделай с индексом, и elems.eq(i)

не могу там посмотреть сходу какой тип объекта передается в конструктор селекта, чуть позже гляну

я попробую пока сделать пример себе

начинаем с простого

добавил в шаблон 2 селекта

<select id='select_property' width='300' height='50'></select>

<select id='select_remark2' width='300' height='50'></select>