бинарник разве через консоль нельзя запустить?
Операционная система принимает бинарь через exec, помещает в память, а потом говорит процессу исполнять кусок памяти с бинарем.
А сам бинарь содержит в себе различные инструкции, в числе которых системные вызовы.
И короче эти системные вызовы это просто чиселки, которые у разных операционок разные.
У Винды, например, они разные даже от издания к изданию, поэтому там только с системной библиотекой линковаться.