Ну там прикол в том, что там в /usr/bin ложится питоновский файл с разрешением на исполнение, а он в свою очередь импортирует свой пакет.
Но из-за того, что в Пайтоне импорты зависят от виртуального окружения в котором ты работаешь (шелл переменная по-сути) то он ищет свой пакет в этом окружении и не находит.
Грубо говоря, если ты разрабатываешь на пайтоне, то ты должен pynvim инсталить в каждое окружение. И это как-то напрягает.