Наконец сделал и запустил автоматическое инкриментное резервирование btrfs. Скрипт на php делает снапшоты и удаляет старые, скрипт на bash копирует снапшоты на внешний сервер, передавая только разницу с предыдущим. Запускается таймером systemd раз в 10 минут. Лог пишется в journald. Хранится заданное кол-во снапшотов за час (в моем случае 6 снапшотов), месяц (30) и год (48). Старые снапшоты удаляются на обоих серверах.