А
изолировать gtk шлак от всей системы.
seccomp, firejail, capabilities в systemd user scope/session. А в случае с контейнером сама система по-любому должна быть в контейнере. Возможно, в Solaris/omniOS zones можно сделать и без самой системы в контейнере, я не очень в курсе, как зоны работают.