Не ручаюсь, но можно попробовать: 1) выключить синхронизацию iCloud 2) удалить приложение с данными 3) перезагрузить устройство 4) скачать iBooks из App Store заново 5) Включить синхронизацию iCloud для iBooks
Схожий метод работал с поломкой синхронизации медиатеки фоток. С книгами может помочь, а может стереть все нафиг.
Помог такой метод
Вышел с айклауда полностью, удалил программу айбукз, скачал ее заново, затем перезагрузил устройство, зашел в айклауд через настройки. Открыл айбукс, он предложил сделать вход, ввел свой эпл айди и книги все восстановились