Для корректной работы multi-wan в режиме отказоустойчивости, в таблице маршрутизации КШ должны отсутствовать маршруты по умолчанию.
Относительно «падения» программы управления, возможно это не связанные события, так как в случае отсутствия маршрута, ПУ «отвалилось» бы по тайм ауту.