Я так понимаю, что СД версии 3.9 скорее всего..... На нем создаются конфиги только apcfg. Тогда надо сделать так:
1. взять это конфиг и отнести на виндовый АП
2. выполнить импорт этого профиля с сохранением ключей на флэшку
3. отдельно экспортировать все сертификаты
4. отнести все это на линуксовый АП
5. переформатировать ключи в формат для линуксового АП
6. создать вручную профиль с использованием всего полученного
либо в ПУ СД создать новый профиль по запросу от АП, когда ключи останутся у пользователя, тогда ничего переформатировать не надо будет